Капоне родился в Бруклине и был четвёртым ребёнком Габриэле Капоне и Терезы Райоля. Родители были итальянскими эмигрантами, которые приехали в США в 1894 году из австро-венгерской Риеки и обосновались на Нэйви-стрит-95 в районе Нью-Йоркской военно-морской верфи в пригороде Бруклина, Нью-Йорк.
Когда Альфонсе было 11 лет, Капоне переехали в бруклинский район. С ранних лет Альфонсе подавал признаки явного возбудимого психопата. В конечном итоге, в 14 лет он напал на свою школьную учительницу, после чего бросил школу и какое-то время перебивался случайными заработками, после чего попал под влияние гангстера Джонни Торрио и присоединился к его банде «Джеймс-Стрит», влившейся затем в знаменитую банду «Файв-Пойнтц» Паоло Ваккарелли, больше известного как Пол Келли.
Габаритного подростка Альфонсе устроили вышибалой в бильярдный клуб, который был фактическим прибежищем банды и служил прикрытием для истинных дел (главным образом, нелегального игорного бизнеса и вымогательств). Пристрастившись играть в бильярд, он в течение года выигрывал абсолютно все турниры, проводившиеся в Бруклине. Благодаря физической силе и размерам, Капоне с удовольствием выполнял эту работу в убогом и злачном учреждении своего босса Йеля «Harvard Inn». Именно к этому периоду жизни историки приписывают поножовщину Капоне с уголовником Фрэнком Галлучио. Ссора произошла из-за сестры (по некоторым сведениям, жены) Галлучио, в адрес которой Капоне отпустил дерзкое замечание. Галлучио полоснул юного Альфонсо ножом по лицу, поставив ему знаменитый шрам на левой щеке, из-за которого в хрониках и поп-культуре Капоне получил прозвище «Лицо со шрамом». Этой истории Альфонсо стыдился и происхождение шрама объяснял участием в «Потерянном батальоне» . наступательной операции войск Антанты в Аргонском лесу в Первой мировой, из-за некомпетентности командования окончившейся трагически для пехотного батальона американских войск. На самом деле Альфонсо никогда не служил в армии.
В 1917 году Капоне вплотную интересовалась полиция Нью-Йорка: его подозревали в причастности по меньшей мере к двум убийствам, что послужило ему поводом перебраться вслед за Торрио в Чикаго и присоединиться к банде «Большого» Колозимо, держателя нескольких борделей, и дяде Торрио. В этот период между Колозимо и Торрио шёл диспут о расширении сферы деятельности бутлегерством. Торрио был «за», Колозимо — «против». Алчный и беспринципный Торрио, исчерпав все аргументы, решил устранить несговорчивого родственника, и Альфонсо его поддержал. Исполнителем выступил знакомый по банде Five Points — головорез Фрэнки Йель.
В бутлегерском бизнесе новоиспечённая банда Торрио встретила ожесточённую конкуренцию. Через несколько лет сосуществования конфликт интересов привёл к столкновению группировки Торрио с бандой Irish North Side Дэйона О’Бэниона, которое в итоге вылилось в убийство последнего. Банда О’Бэниона не смирилась с поражением, и следующей заметной жертвой противоборства стал Мэтью Николас, младший брат Альфонсо. Два покушения на жизнь и тяжёлое ранение Торрио в перестрелке заставили его отойти от дел и назначить 26-летнего Аль Капоне своим преемником. На тот момент банда насчитывала около тысячи бойцов и собирала в неделю по 300 тысяч долларов дохода.
Аль Капоне ввёл такое понятие как рэкет. Мафия начала заниматься эксплуатацией проституции, а покрывали всё это огромные взятки, выплачиваемые Капоне не только полицейским, но и политикам. Война бандитов при Капоне приняла невиданные для тех пор размеры. Только между 1924 и 1929 годами в Чикаго было застрелено более пятисот бандитов. Капоне беспощадно истребил ирландские банды О’Бэниона, Доуэрти и Билла Морана. В перестрелках использовали автоматы, пулемёты и ручные гранаты, устанавливаемые в автомобилях взрывные устройства.
С Капоне связывают происхождение выражения «отмывать деньги». Чтобы скрыть происхождение своих доходов, он открыл в США большую сеть прачечных, и свои преступные доходы декларировал как доход от прачечных.
Организована бандой южан Торрио за лидерство на рынке контрабандного алкоголя в городе. В ноябре 1924 года Торрио заказывает убийство О’Бэньона и развязывает открытую войну против его соратников. В результате ответных действий северо-западных едва избежавший расправы Торрио пускается в бега, назначив ответственным за операцию Капоне, который в противоборстве сам едва не гибнет в сентябре 1926 года.
В назначенный час члены банды Капоне в форме чикагских полицейских ворвались в гараж, где конкурирующая ирландская банда Морана организовала склад контрабандного виски. Люди Морана, захваченные врасплох, подняли руки вверх, будучи убеждены в подлинности полицейских. Они покорно выстроились у стенки, но вместо ожидаемого обыска раздались выстрелы. Семь человек были убиты. Тем не менее, основная цель, ради которой и было спланировано преступление, не была достигнута — Багс Моран опоздал на встречу и, увидев припаркованный у склада автомобиль полиции, скрылся. Привлечённые выстрелами прохожие столпились перед гаражом. Они были чрезмерно удивлены расторопностью блюстителей порядка, когда парни Капоне в новой, как с иголочки, форме покинули место кровавой бойни.
Прямых доказательств причастности к эпизоду Капоне обнаружено не было. Более того, за преступление перед судом никто так и не предстал.
Опубликованные снимки с места преступления шокировали общественность и изрядно испортили репутацию Капоне в обществе, а также заставили федеральные органы правопорядка вплотную заняться расследованием его деятельности.
В июле 1931 года Капоне предстал перед Федеральным судом и в мае 1932 года был приговорён к 11 годам тюремного заключения в исправительном заведении Атланты за неуплату налогов в размере 388 тысяч долларов. По прибытии туда, после прохождения медосмотра у Капоне были диагностированы сифилис и гонорея, а также симптомы абстиненции, вызванные кокаиновой зависимостью и приведшие к повреждению носовой перегородки. В тюрьме Капоне работал в обувной мастерской по восемь часов в день. Его слабое здоровье привело к тому, что он подвергался нападкам других заключённых, однако сумел сколотить вокруг себя небольшую защиту из других заключённых — в частности ему оказывал поддержку его сокамерник Рэд Руденский, мелкий мошенник, уже имевший связь с бандой Капоне и всерьёз опасавшийся за психику последнего. Такая обстановка в итоге породила слухи, что Капоне имеет привилегии, из-за чего в 1934 году его перевели в тюрьму на острове Алькатрас. 23 июня 1936 года Капоне получил там поверхностное ножевое ранение от заключённого Джеймса Лукаса. В Алькатрасе психическое здоровье Капоне из-за прогрессирующего нейросифилиса всё больше ухудшалось, и последний год заключения он провел в тюремной больнице — большинство написанных им в период заключения писем были совершенно бессвязными. Из-за здоровья его срок был сокращён и 6 января 1939 года его выпустили из тюрьмы и перевели в калифорнийское федеральное исправительное учреждение на Терминал-Айленде для отбывания наказания за неуважение к суду, откуда выпустили 16 ноября того же года.
После освобождения Капоне был направлен в балтиморскую больницу Джонса Хопкинса для лечения пареза (вызванного сифилисом поздней стадии), но там отказались его принять из-за его репутации. В итоге его приняли в больницу Юнион-Мемориал, которой Капоне позже пожертвовал в благодарность две японские плакучие вишни. После нескольких недель стационарного амбулаторного лечения так и не выздоровевший Капоне покинул Балтимор 20 марта 1940 года и отправился к жене и сыну в их семейный особняк на Палм-Айленде во Флориде. В 1946 году его врач и психиатр из Балтимора провели обследование и пришли к выводу, что Капоне теперь обладает психикой и разумом, как у 12-летнего ребёнка. 21 января 1947 года Капоне перенёс инсульт, из которого выкарабкался, но затем у него диагностировали пневмонию. 22 января у него случилась остановка сердца, а 25 января Капоне умер в своём доме в окружении семьи. Изначально он был похоронен на кладбище Маунт-Оливет в Чикаго, но в 1950 году останки Капоне вместе с останками его отца и брата Сальваторе были перевезены на кладбище Маунт Кармел в Хиллсайде, штат Иллинойс.