Рагима Газиева задержали в конце 1993 года по обвинению в государственной измене и сдачи Шуши, но ему удалось в сентябре 1994 года бежать из СИЗО министерства безопасности республики в Москву. Там он заявил о своей поддержке Аяза Муталибова. В самом Азербайджане Рагима Газиева заочно приговорили к смертной казни через расстрел. Приговор по делу Рагима Газиева гласит:
«Судебная коллегия считает, что действия Рагима Газиева, выразившиеся в том, что он, начиная с 10 февраля 1992 года и вплоть до захвата Лачинского и Шушинского районов армянскими вооруженными формированиями, умышленно не выполнял законы, уставы, указы и распоряжения Президента Республики, приказы Верховного Главнокомандующего Вооруженными Силами и Министра Обороны, в результате чего Азербайджанской Республике был нанесен существенный вред, повлёкший тяжкие последствия, подпадают под признаки ст.255 УК Азерб. Республики.
Расхищение Р.Газиевым, путём злоупотребления служебным положением 25 миллионов рублей и $ 500 000 образуют состав преступления, предусмотренного ст.88-1 УК.
Приобретение, хранение и передача своим телохранителям Р.Байрамову и Н. Курбанову оружия в условиях режима чрезвычайного положения в г. Баку образует состав преступления, предусмотренного ст.220.2 УК Азерб. Республики.
При назначении наказания Рагиму Газиеву судебная коллегия принимает во внимание, что им последовательно совершен ряд преступлений, повлёкших тяжкие последствия, что в соответствии со ст. 37 УК АР признается отягчающим вину обстоятельством. Кроме того, судебная коллегия учитывает особую опасность его преступных действий, направленных против суверенитета государства, территориальной целостности Азербайджанской Республики, повлёкших гибель многих людей, причинение увечий, нарушению прав сотен тысяч людей, вынужденно покинувших места постоянного проживания, потрясших экономику республики. В связи с этим судебная коллегия приходит к выводу о том, что исправление и перевоспитание Рагима Газиева невозможно, а его личность представляет крайне повышенную опасность для общества, и признает необходимым назначить ему по ст. 255 п. «в» исключительную меру наказания — смертную казнь.»
16 апреля 1996 года Генеральная прокуратура России приняла решение об экстрадиции экс-министра обороны в Баку, где смертный приговор в 1998 году ему заменили на пожизненное заключение. По настоянию ПАСЕ, Рагим Газиев был помилован и освобождён в марте 2005 года. После своего освобождения Газиев опубликовал несколько статей, в попытке реабилитировать себя в глазах общественности, но они не вызвали интереса у публики.
Газиев попытался обжаловать свой арест и приговор в Европейском Суде по Правам Человека (жалоба № 2758/05). Признанная в феврале 2007 г. частично приемлемой. жалоба впоследствии была в июле 2009 г. отклонена как неприемлемая ввиду неисчерпания средств защиты на национальном уровне.